Στην Παροικιά βρίσκεται μία από τις εντυπωσιακότερες εκκλησίες του Αιγαίου, η Παναγία η Εκατονταπυλιανή ή Καταπολιανή. Είναι από τους αρχαιότερους και καλύτερα διατηρημένους χριστιανικούς ναούς.
Η ονομασία Εκατονταπυλιανή ή Καταπολιανή, προέρχεται από τον όρο “καταπόλα” που σημαίνει “κατά την πόλη”, καθώς πιθανότατα “δείχνει” το σημείο όπου βρισκόταν η αρχαία πόλη της Πάρου. Το όνομα της συνδέεται και με έναν θρύλο: “Ενενήντα εννέα φανερές πόρτες έχει η Καταπολιανή. Η 100η είναι κλειστή και δεν φαίνεται. Θα φανεί και θα ανοίξει, όταν οι Έλληνες πάρουν την Πόλη”.
Σύμφωνα με την παράδοση κατά τη διάρκεια του ταξιδιού της Αγίας Ελένης προς του Αγίους Τόπους με σκοπό να βρει τον Τίμιο Σταυρό, το καράβι της έπεσε σε θαλασσοταραχή και σταμάτησε στην Πάρο. Εκεί, η Αγ. Ελένη προσευχήθηκε σε ένα μικρό ξωκλήσι και έκανε τάμα στην Παναγία πως αν κατάφερνε να βρει τον Τίμιο Σταυρό θα έχτιζε μια λαμπρή εκκλησία για χάρη Της.
Η μία εκδοχή αναφέρει ότι η ίδια η Ελένη έκτισε την εκκλησία. Η δεύτερη και επικρατέστερη, θέλει τον γιο της Κωνσταντίνο, τον πρώτο αυτοκράτορα του Βυζαντίου, να ιδρύει την Εκατονταπυλιανή μετά το θάνατο της μητέρας του, στα μέσα του 4ου αιώνα. Την εποχή του Αυτοκράτορα Ιουστινιανού, δηλαδή τον 6ο αιώνα, ο ναός ανακαινίσθηκε, αποκτώντας πλέον αντί για σκεπή, τρούλο. Κατά την παράδοση, τις μετατροπές αυτές έκανε μαθητής του αρχιτέκτονα της Αγίας Σοφίας, που ξεπέρασε στη τέχνη τον δάσκαλό του.

Στο συγκεκριμένο ναό σώζεται το αρχαιότερο βαπτιστήριο της ορθόδοξης εκκλησίας. Χρονολογείται από τον 4ο αιώνα, όταν ακόμα οι βαφτίσεις τελούνταν μόνο στους ενηλίκους και δεν είχε ξεκινήσει ακόμα η βάπτιση των νηπίων, πρακτική που διαδόθηκε από τον 6ο αιώνα.
Η Παναγία η Εκατονταπυλιανή, εκτός από τον κυρίως ναό, αποτελείται και από έξι παρεκκλήσια, αφιερωμένα σε αγίους:
Το παρεκκλήσι του Αγίου Νικολάου, που πιστεύεται ότι πρόκειται για τον αρχικό ναό στον οποίο προσευχήθηκε η Αγία Ελένη, και γι’ αυτό θεωρείται και η παλαιότερη εκκλησία στην Πάρο, των Αγίων Αναργύρων, του Αγίου Φιλίππου, της Αγίας Θεοδοσίας, του Αγίου Δημητρίου και της Οσίας Θεοκτίστης, της πολιούχου της Παροικιάς.Η Θεοκτίστη έζησε, μόνασε, πέθανε και τάφηκε σε αυτό το χώρο τον 9ο αιώνα, όταν η Πάρος είχε εγκαταλειφθεί από τους κατοίκους της, λόγω των συνεχών επιδρομών των πειρατών.
Κατά τη Φραγκοκρατία και την Τουρκοκρατία ο ναός υπέστη πολλές καταστροφές και λεηλασίες. Όπως κατά την επιδρομή του πειρατή Χαϊρεντίν Μπαρμπαρόσσα στην Πάρο, το 1537 και του Μουσταφά Καπλάν πασά, το 1666. Τη μεγαλύτερη όμως καταστροφή στο ναό επέφερε ο σεισμός του 1733. Τότε κατέρρευσε ο βόρειος και ο δυτικός θόλος και μέρος του τρούλου.
Ο Παριανός ηγεμόνας της Μολδοβλαχίας Νικόλαος Μαυρογένης, βοήθησε οικονομικά για να γίνει η επισκευή του. Ήταν θείος του πατέρα της μεγάλης ηρωίδας της Ελληνικής Επανάστασης Μαντώς Μαυρογένους, η οποία θάφτηκε στον αυλόγυρο της Εκατονταπυλιανής.
Οι τεχνίτες που την αποκατέστησαν, έκαναν πολλές προσθήκες, μέσα και έξω από το ναό, που παραμόρφωσαν την επιβλητική μορφή του. Το 1959 ο καθηγητής και ακαδημαϊκός Αναστάσιος Ορλάνδος άρχισε την αποκατάσταση του ναού στην Ιουστινιάνεια μορφή του και το 1966 τον ολοκλήρωσε.
Κατά την αναπαλαίωση του, ο καθηγητής Ορλάνδος αποκάλυψε ένα Γυμνάσιο, γυμναστήριο της ρωμαϊκής εποχής, όπου το μωσαϊκό του δαπέδου, αναπαριστούσε τους άθλους του Ηρακλή. Σήμερα βρίσκεται στην αυλή του Αρχαιολογικού Μουσείου Πάρου.